dvi→ps→pdf 経由でつくったpdfに対して pdffonts すると 

name                                 type              emb sub uni object ID
------------------------------------ ----------------- --- --- --- ---------
VARDFL+CMMIB10                       Type 1C           yes yes no      26  0
WQVROL+IPAGothic-H                   CID TrueType      yes yes no      17  0
HBGCTY+IPAMincho-H                   CID TrueType      yes yes no      11  0
SZLHBV+CMEX10                        Type 1C           yes yes yes     24  0
VARDFL+CMMIB7                        Type 1C           yes yes no      22  0
LJHPXH+CMSY10                        Type 1C           yes yes yes     20  0
JXCWHS+CMBX10                        Type 1C           yes yes no      36  0
（以下略）

でフォントが埋め込まれている．

しかし，dvipdfmx で dvi→pdf つくると， 

name                                 type              emb sub uni object ID
------------------------------------ ----------------- --- --- --- ---------
YPEGVI+CMR10                         Type 1C           yes yes no       4  0
Ryumin-Light-Identity-H              CID Type 0        no  no  no       6  0
FQNRAH+CMBX12                        Type 1C           yes yes no       7  0
GothicBBB-Medium-Identity-H          CID Type 0        no  no  no       9  0
AJHYRQ+CMSY10                        Type 1C           yes yes yes     10  0
LSXAMF+CMMIB7                        Type 1C           yes yes no      11  0
VVWCGM+CMEX10                        Type 1C           yes yes yes     12  0
（以下略）

フォントが埋め込まれなーい．なんで？

フォントを埋め込む方法は下にある．

http://d.hatena.ne.jp/pyopyopyo/20080106/p1

ps経由とdvipdfmxでは一見同じようなものができているが中身は結構違うんだなー，と．

追記

ptexliveにはもともと，ptex-ipa-ttf.mapなどがあって（texmf/fonts/map/dvipdfmx/ptexlive)

それを利用してもよい．

つまり， 

dvipdfmx -f ptex-ipa-ttf.map foo.dvi

としても，フォントが埋め込まれる．