例えば，第4章から文章をはじめたいときなど．

どうすれば良いのか？

結論：lyxに章番号専用の機能はありません．

texのコードを埋めこみましょう． 

\setcounter{chapter}{1}

みたいに．

http://wiki.lyx.org/FAQ/Unsorted#toc44