rm を使う 

rm -rf hoge

お手軽、しかし、その気になればデータ復旧可能。

i ノードを削除するだけらしい。

dd を使う 

dd if=/dev/zero of=/dev/sda

データ自体をゼロで埋める。

ただし、ハードディスクの磁気を詳しくみれば、データは復元できるらしい

（「0に0を上書き」と「1に0を上書き」を区別できるみたい）。

shred を使う 

shred /dev/sda

乱数を書き込むらしい。

データ復元は困難。しかし、時間が非常にかかるみたい。

man page より。

Overwrite the specified FILE(s) repeatedly, in order to make it harder for even very expensive hardware probing to recover the data.